La razón por la que la numeración no avanza es porque están ingresando ventas y no facturando.

Cuando en facturación cargamos una factura tenemos dos formas de ingresarla al sistema presionando el botón Ingresar (F5) o Facturar (F4), si elegimos el primero estamos ingresando la venta pero no facturándola ni por impresora fiscal ni por factura preimpresa, por lo que el sistema toma como que la factura fue hecha manualmente, en este caso la numeración no avanza (tiene una numeración oculta a fin de llevar un orden).

En cambio si elegimos presionar Facturar (F4), el software punto de venta toma como que imprimimos por impresora fiscal o preimpresa y la numeración si avanza.